ПочатиПочніть безкоштовно

Пошук шаблону

Знайдімо входження шаблону в наборі zikaVirus за допомогою vmatchPattern(). Потім виконаймо той самий пошук шаблону функцією matchPattern() для однієї послідовності zikv.

# For Sets
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)

# For single sequences
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG", 
              subject = zikv, max.mismatch = 1)

Обидві функції мають знайти однакову кількість входжень, але ви побачите різний тип виводу. Скільки збігів ми отримуємо, коли запускаємо кожен пошук шаблону окремо?

Ця вправа є частиною курсу

Вступ до Bioconductor в R

Переглянути курс

Практична інтерактивна вправа

Перетворіть теорію на практику за допомогою однієї з наших інтерактивних вправ

Почати вправу