Аксесори GenomicRanges
У попередній вправі ви створили об'єкт GRanges з датафрейму, що містив базову інформацію. Ви побачите, що GRanges може зберігати значно більше!
Скористайтеся методами доступу, щоб дослідити об'єкт GRanges, myGR. Ви можете витягти з об'єкта GRanges такі характеристики, як назви хромосом, кількість послідовностей, назви кожної послідовності, інформацію про ланцюг (strand), оцінку (score), довжину тощо.
Нижче наведено базові аксесори для GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Повний список аксесорів можна переглянути командою methods(class = "GRanges").
Ця вправа є частиною курсу
Вступ до Bioconductor в R
Інструкції до вправи
- Отримайте інформацію про послідовності для
myGR. - Перевірте метадані за допомогою
mcols().
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___