Mulai sekarangMulai gratis

Memartisi genom ragi

Genom sering kali berukuran besar, tetapi biasanya kita tertarik pada wilayah tertentu saja. Karena itu, kita perlu mengambil subset genom dengan mengekstrak bagiannya. Untuk memilih suatu interval sekuens, gunakan getSeq() dan tentukan nama kromosom serta posisi awal dan akhir interval sekuens tersebut.

Contoh berikut akan memilih basa "chrI" dari 100 hingga 150.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

Catatan: names bersifat opsional; jika tidak ditentukan, fungsi ini akan mengembalikan semua kromosom. Parameter start dan end juga opsional dan, jika tidak ditentukan, masing-masing akan memakai nilai baku 1 dan panjang sekuensnya.

Latihan ini merupakan bagian dari kursus

Pengantar Bioconductor di R

Lihat Kursus

Instruksi latihan

  • Gunakan getSeq() untuk mengambil 30 basa pertama dari kromosom M ("chrM") dalam objek yeastGenome.

Latihan interaktif langsung praktik

Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
___
Edit dan Jalankan Kode