Memartisi genom ragi
Genom sering kali berukuran besar, tetapi biasanya kita tertarik pada wilayah tertentu saja. Karena itu, kita perlu mengambil subset genom dengan mengekstrak bagiannya. Untuk memilih suatu interval sekuens, gunakan getSeq() dan tentukan nama kromosom serta posisi awal dan akhir interval sekuens tersebut.
Contoh berikut akan memilih basa "chrI" dari 100 hingga 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Catatan: names bersifat opsional; jika tidak ditentukan, fungsi ini akan mengembalikan semua kromosom. Parameter start dan end juga opsional dan, jika tidak ditentukan, masing-masing akan memakai nilai baku 1 dan panjang sekuensnya.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Pengantar Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Gunakan
getSeq()untuk mengambil 30 basa pertama dari kromosom M ("chrM") dalam objekyeastGenome.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___