Aksesori GenomicRanges
Pada latihan sebelumnya, Anda membuat objek GRanges dari sebuah data frame yang berisi informasi dasar. Anda akan menemukan bahwa GRanges dapat menyimpan jauh lebih banyak!
Gunakan metode aksesori untuk mengeksplorasi objek GRanges, myGR. Anda dapat mengekstrak karakteristik dari objek GRanges seperti nama kromosom, jumlah sekuens, nama setiap sekuens, informasi tentang strand, skor, panjang, dan lainnya.
Berikut ini adalah aksesori dasar untuk GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Untuk daftar lengkap aksesori, Anda dapat memeriksa methods(class = "GRanges").
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Pengantar Bioconductor di R
Petunjuk latihan
- Dapatkan informasi sekuens untuk
myGR. - Periksa metadata menggunakan
mcols().
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___