Memfilter read secara langsung!
Bagaimana jika, dari semua read dalam sebuah berkas, Anda hanya tertarik pada sebagian read saja? Anda dapat menggunakan filter!
Misalkan Anda hanya tertarik pada read yang dimulai dengan pola "ATGCA". Sebuah fungsi pemfilteran sederhana dapat melakukannya dengan memanfaatkan fungsi srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Fungsi ini, yang telah dibuat untuk Anda, menerima objek turunan ShortRead sebagai masukan dan menghasilkan read yang diawali dengan pola "ATGCA". Mari kita gunakan fungsi ini!
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Pengantar Bioconductor di R
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___