Mengeksplorasi sekuens virus Zika
Sekarang giliran Anda mengeksplorasi genom virus Zika, yang telah dimuat di ruang kerja Anda sebagai zikaVirus. Genom ini diunduh dari NCBI dan Anda dapat menerapkan fungsi Biostrings untuk mempelajarinya lebih lanjut.
Mulailah dengan memeriksa alfabet pada sekuensnya.
alphabet() # Menampilkan huruf yang ada dalam sekuens
alphabetFrequency() # Menampilkan jumlah kemunculan per huruf
Ingat dari video bahwa tiap alfabet sesuai dengan kontainer biostring tertentu, dan setiap alfabet biasanya memiliki huruf kode tambahan serta simbol.
Latihan ini merupakan bagian dari kursus
Pengantar Bioconductor di R
Latihan interaktif langsung praktik
Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.
# Load packages
library(Biostrings)
# Check the alphabet of the zikaVirus
___