Menjelajahi kualitas sekuens
Sekarang giliran Anda melakukan pemeriksaan kendali mutu pada fqsample. Ini adalah langkah penting sebelum memulai analisis lanjutan untuk cepat mengidentifikasi masalah pada data.
Untuk memeriksa nilai pengodean untuk setiap huruf dalam quality(), gunakan encoding():
encoding(quality(fqsample))
Untuk ringkasan penilaian kualitas (QA) gunakan qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Objek qaSummary ini sudah dibuat untuk Anda. Elemen-elemen QA dapat diakses dengan qaSummary[["nameElement"]], di mana nameElement adalah nama elemen yang ingin Anda tinjau.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Pengantar Bioconductor di R
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)