Lebih banyak penyaringan!
Keren! Setelah Anda berlatih menyaring read, mari gunakan fungsi polynFilter(). Fungsi ini memilih read yang berisi kurang dari jumlah nukleotida duplikat tertentu. Sebagai contoh, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) akan memilih semua read yang mengandung kurang dari 20 huruf A. Parameter nuc adalah vektor karakter yang memuat simbol IUPAC untuk nukleotida atau nilai "other" untuk semua simbol non-nukleotida.
Objek fqsample tersedia di ruang kerja Anda.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Pengantar Bioconductor di R
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil