MulaiMulai sekarang secara gratis

Berapa banyak transkrip?

Ingat di video bagaimana kita menghitung panjang ekson pada salah satu transkrip dari gen yang menjadi fokus kita? Sekarang giliran Anda mencari tahu berapa banyak transkrip yang dimiliki gen ABCD1. Anda dapat mengetahuinya dengan menggunakan:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Setelah Anda mendapatkan semua transkrip per gen, Anda dapat memilih gen mana pun berdasarkan id-nya. Id gen untuk ABCD1 adalah 215. Kiat kecil untuk memilih informasi pada gen tertentu adalah menggunakan tanda backtick di sekitar id gen, misalnya transcripts$`215`.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Pengantar Bioconductor di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

  • Muat basis data transkrip manusia ke hg.
  • Pra-saring kromosom X menggunakan seqlevels().
  • Dapatkan semua transkrip di hg berdasarkan "gene", simpan hasilnya di hg_chrXt, lalu cetak.
  • Pilih gen `215` dari hg_chrXt menggunakan $.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Edit dan Jalankan Kode