MulaiMulai sekarang secara gratis

Ekstrak sampel dari file fastq

Sekarang giliran Anda mengambil potongan sampel dari sekumpulan banyak read.

Anda akan menggunakan file yang sama seperti pada latihan sebelumnya. File ini memiliki 500 read, masing-masing sepanjang 50 bp. Path file tersimpan dalam objek bernama f.

Dengan menggunakan FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed(), dan yield() Anda dapat mengambil subset 100 read dari file sekuens Anda.

Latihan ini adalah bagian dari kursus

Pengantar Bioconductor di R

Lihat Kursus

Petunjuk latihan

  • Muat ShortRead.
  • Gunakan set.seed() dengan nilai 1234.
  • Gunakan FastqSampler() dengan file fastq kecil yang ada di f dan pilih 100 read.
  • Gunakan yield() untuk menghasilkan sub-sekuens.

Latihan interaktif praktis

Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
Edit dan Jalankan Kode