Kontainer Biostrings

Sekarang setelah Anda tahu cara memeriksa alfabet suatu sekuens, bisakah Anda memeriksa apa kelas kontainer dari objek zikaVirus?

Latihan ini merupakan bagian dari kursus

Pengantar Bioconductor di R

Lihat Kursus

Latihan interaktif langsung

Ubah teori menjadi aksi dengan salah satu latihan interaktif kami

Mulai latihan

Latihan ini merupakan bagian dari kursus

Pengantar Bioconductor di R

SkillTag.level.intermediateSkillTag.label

4.8+

112 reviews

Mulai Kursus Gratis

Pada bab ini, Anda akan langsung mempraktikkan Bioconductor. Bioconductor adalah repositori khusus untuk perangkat lunak bioinformatika, dikembangkan dan dikelola oleh komunitas R. Anda akan mempelajari cara memasang dan menggunakan paket Bioconductor. Anda juga akan diperkenalkan pada objek dan fungsi S4, karena sebagian besar paket dalam Bioconductor mewarisi dari S4. Selain itu, Anda akan menggunakan himpunan data genomik nyata dari jamur untuk mengeksplorasi paket BSgenome.

Exercise 1: Pengantar Proyek Bioconductor Exercise 2: Versi Bioconductor Exercise 3: BiocManager untuk memasang paket Exercise 4: Peran S4 dalam Bioconductor Exercise 5: Definisi kelas S4 Exercise 6: Interaksi dengan kelas Exercise 7: Pengenalan biologi dari himpunan data genomik Exercise 8: Menjelajahi genom ragi Exercise 9: Memartisi genom ragi Exercise 10: Genom yang tersedia

Biostrings adalah kontainer string yang efisien dalam penggunaan memori. Biostrings memiliki algoritme pencocokan dan utilitas lain untuk manipulasi cepat atas sekuens biologis berukuran besar atau sekumpulan sekuens. Seberapa efisien Anda dapat bekerja dengan menggunakan kontainer yang tepat untuk sekuens Anda? Anda akan mempelajari alfabet dan manipulasi sekuens dengan menggunakan genom kecil dari sebuah virus.

Exercise 1: Pendahuluan Biostrings Exercise 2: Mengeksplorasi sekuens virus Zika Exercise 3: Kontainer Biostrings

Latihan Saat Ini

Exercise 4: Memanipulasi Biostrings Exercise 5: Penanganan sekuens Exercise 6: Dari suatu himpunan menjadi satu urutan tunggal Exercise 7: Subset pada sebuah himpunan Exercise 8: Fungsi umum untuk memanipulasi sekuens Exercise 9: Mengapa kita tertarik pada pola?Exercise 10: Mencari sebuah pola Exercise 11: Menemukan Palindrom Exercise 12: Menemukan region terkonservasi dalam enam frame Exercise 13: Mencari kecocokan

Paket IRanges dan GenomicRanges juga merupakan kontainer untuk menyimpan dan memanipulasi interval genomik serta variabel yang didefinisikan sepanjang genom. Paket-paket ini menyediakan infrastruktur dan dukungan bagi banyak paket Bioconductor lainnya karena fitur-fiturnya yang kaya. Anda akan mempelajari cara menggunakan kontainer ini dan metadata terkaitnya untuk memanipulasi sekuens Anda. Himpunan data yang akan Anda tinjau adalah sebuah gen khusus yang menjadi minat pada genom manusia.

Exercise 1: IRanges dan Struktur Genomik Exercise 2: IRanges Exercise 3: Membangun IRanges Exercise 4: Berinteraksi dengan IRanges Exercise 5: Gen yang diminati Exercise 6: Dari data tabular ke Genomic Ranges Exercise 7: Aksesori GenomicRanges Exercise 8: Mutasi ABCD1 Exercise 9: Kromosom X genom manusia Exercise 10: Memanipulasi kumpulan GRanges Exercise 11: Sebuah jendela sekuens Exercise 12: Apakah ada di sana?Exercise 13: Lebih lanjut tentang ABCD1 Exercise 14: Berapa banyak transkrip?Exercise 15: Dari objek GRangesList menjadi objek GRanges

ShortRead adalah paket untuk input, manipulasi, dan penilaian berkas fasta dan fastq. Anda dapat melakukan subset, pemangkasan, dan penyaringan sekuens yang diminati, bahkan membuat laporan kualitas. Bonus tambahan pada latihan terakhir akan memberi Anda alat untuk penilaian kualitas paralel, kode: Rqc. Yang lebih menarik, untuk ini Anda akan menggunakan sekuens genom tumbuhan!

Exercise 1: Berkas sekuens Exercise 2: Mengapa fastq?Exercise 3: Membaca berkas Exercise 4: Menjelajahi berkas fastq Exercise 5: Ekstrak sampel dari file fastq Exercise 6: Kualitas sekuens Exercise 7: Menjelajahi kualitas sekuens Exercise 8: Plot kualitas basa Exercise 9: Coba plot frekuensi nukleotida Anda sendiri Exercise 10: Pencocokan dan penyaringan Exercise 11: Memfilter read secara langsung!Exercise 12: Menghapus duplikasi Exercise 13: Lebih banyak penyaringan!Exercise 14: Penilaian berganda Exercise 15: Memplot kualitas rata-rata per siklus Exercise 16: Pengantar Bioconductor