Fungsi umum untuk memanipulasi sekuens
Sejauh ini, Anda telah mempelajari fungsi manipulasi sekuens yang paling umum:
reverse()
complement()
reverseComplement()
translate()
Dalam praktiknya, Anda dapat memanipulasi sekuens yang sangat besar menggunakan fungsi-fungsi ini.
Namun, agar dapat melihat nilai dan hasil dari fungsi-fungsi ini pada latihan ini, Anda akan menggunakan sebuah subset kecil. Objek zikv, yang sebelumnya telah Anda subset dari genom Zika, hanya memiliki 30 basa.
Latihan ini adalah bagian dari kursus
Pengantar Bioconductor di R
Petunjuk latihan
Uji fungsi-fungsi tersebut menggunakan zikv:
- Balikkan sekuensnya.
- Dapatkan komplemen sekuensnya.
- Dapatkan komplemen-balik sekuensnya.
- Translasi sekuensnya.
Latihan interaktif praktis
Cobalah latihan ini dengan menyelesaikan kode contoh berikut.
# Reverse the zikv sequence
reverse(___)
# Complement the zikv sequence
___
# Reverse complement the zikv sequence
___
# Translate the zikv sequence
___