Mulai sekarangMulai gratis

Dari data tabular ke Genomic Ranges

Dalam video, Anda mempelajari cara membuat objek GRanges. Anda dapat mendefinisikan sebuah GRange dengan nama rentang, posisi awal, dan posisi akhir (seqnames, start, dan end). Jika Anda memiliki data dalam format tabel, Anda juga dapat mengubahnya menjadi objek GRanges. Mari gunakan sebuah data frame bernama seq_intervals, karena kemungkinan besar di situlah Anda menyimpan interval sekuens. Catatan: Anda juga dapat menggunakan tibble jika Anda lebih familiar dengannya.

Anda akan menggunakan data frame seq_intervals yang sudah disiapkan untuk diubah menjadi objek GRanges menggunakan fungsi as(). Fungsi as() telah diperkenalkan di video sebelumnya — fungsi ini menerima sebuah objek dan nama kelas sebagai tujuan konversi objek tersebut.

Latihan ini merupakan bagian dari kursus

Pengantar Bioconductor di R

Lihat Kursus

Instruksi latihan

  • Muat GenomicRanges.
  • Cetak seq_intervals untuk melihat tampilannya.
  • Ubah seq_intervals menjadi objek GRanges, beri nama objek baru tersebut myGR.
  • Cetak myGR.

Latihan interaktif langsung praktik

Cobalah latihan ini dengan melengkapi kode contoh ini.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
Edit dan Jalankan Kode