Peak-Calls
Reads sind über das gesamte Genom verteilt, aber Regionen, die vom interessierenden Protein gebunden sind, ziehen viele überlappende Reads an und erzeugen so Peaks in der Abdeckung. Diese Peaks werden typischerweise mit ihren genomischen Koordinaten sowie einem Score erfasst, der die Stärke des für diesen Peak beobachteten Signals angibt.
Ein Satz von Peak-Calls wurde bereits in R für dich geladen. Die Peak-Calls sind in einem GenomicRanges-Objekt namens peaks gespeichert. Zusätzlich zu den üblichen Funktionen zum Zugriff auf den Inhalt von GenomicRanges-Objekten stehen für Peak-Calls zwei praktische Funktionen zur Verfügung. Mit der Funktion chrom erhältst du das Chromosom, auf dem ein Peak liegt, und mit der Funktion score den zugehörigen Score.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Gib eine Zusammenfassung von
peaksaus. - Verwende die Funktion
score(), um den Index des Peaks mit dem höchsten Score zu finden. - Extrahiere die genomischen Koordinaten des Peaks mit dem höchsten Score mithilfe der Funktionen
chrom()undranges().
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___