Welche Peaks unterscheiden sich?

Schauen wir uns an, wie stark sich die Samples in Bezug auf Peak-Calls unterscheiden. Wenn du dir die zusammengeführten Peaks ansiehst, mit denen du zuvor gearbeitet hast: Wie viele Peaks werden zwischen verschiedenen Samples geteilt?

Ein Plot, der diese Frage beantworten kann, ist ein Venn-Diagramm. Es lässt sich direkt aus dem DBA-Objekt mit der Funktion dba.plotVenn() erstellen. Eine Alternative ist ein UpSet-Plot, den du mit dem Paket UpSetR erzeugen kannst. Dabei werden die Ellipsen des Venn-Diagramms durch eine Reihe von Balkendiagrammen ersetzt, die die Größe verschiedener Teilmengen anzeigen. Die Funktion upset() erwartet einen Data Frame mit einer Spalte pro Menge, also pro Sample, der für jeden Peak die Zugehörigkeit zur Menge angibt. Die benötigten Daten findest du im Feld called des Objekts ar_diff.