Modell einrichten

Bevor du den eigentlichen Vergleich zwischen Gruppen starten kannst, musst du DiffBind mitteilen, wie die Proben auf die Gruppen aufgeteilt sind. Am einfachsten geht das über eine der vordefinierten Kategorien, die DiffBind den Proben zuordnet. Dazu gehören gängige Gruppierungen wie die zu jeder Probe gehörende Bedingung oder das Gewebe. Über das Argument categories kannst du angeben, welche davon du verwenden möchtest, z. B. mit Konstanten wie DBA_CONDITION und DBA_TISSUE. Die Hilfeseite zu dba.contrast() enthält eine vollständige Liste der verfügbaren Konstanten.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Untersuche das Objekt ar_binding.
Ermittele die Kategorie, die der Primary Tumor (primary)- und der Treatment Resistant (TURP)-Bedingung entspricht.
Lege den Kontrast fest, um die beiden Tumortypen zu vergleichen.
Untersuche das Objekt dba_peaks, um zu bestätigen, dass der Kontrast hinzugefügt wurde.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Examine the ar_binding object
print(___)

# Identify the category corresponding to the tumor type contrast
contrast <- DBA____

# Establish the contrast to compare the two tumor types
dba_peaks <- dba.___(ar_binding, ___=contrast, minMembers=2)

# Examine the dba_peaks object to confirm that the contrast has been added
___(___)

Code bearbeiten und ausführen