BAM-Dateien einlesen

Zum Einstieg liest du gemappte Reads aus einer BAM-Datei in R ein. Diese Dateien speichern Informationen über die Ausrichtung zwischen Read-Sequenzen und dem Referenzgenom in einem komprimierten Binärformat. Daten aus BAM-Dateien zu laden, ist eine typische Aufgabe bei der Analyse genomischer Daten.

In dieser Übung lädst du zunächst alle Reads aus einer BAM-Datei. Das ist unkompliziert, kann aber viel Speicher benötigen. Im zweiten Teil lernst du daher, nur die Reads aus einer interessierenden Region zu laden.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Lade Reads aus der Datei chr20_bam mit der Funktion readGAlignments().
Erstelle ein BamViews-Objekt für chr20_bam, das den Bereich 29.805.000–29.820.000 auf Chromosom 20 abdeckt.
Verwende readGAlignments() erneut, um nur die Reads in diesem View zu laden.
Untersuche das Objekt reads_sub mit str().

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)

# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))

# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)

# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)

Code bearbeiten und ausführen