Unterschiede in der Proteinbindung visualisieren

Sowohl der PCA-Plot als auch das Dendrogramm zeigen, dass die Proben aus Primärtumoren und therapieresistenten Tumoren jeweils einen Cluster bilden. Das ist ermutigend, sagt dir aber wenig darüber, wie diese Unterschiede konkret aussehen. In dieser Übung erstellst du eine Heatmap, die die Peak-Intensität über die Proben hinweg vergleicht. Das kann helfen, Muster in der Proteinbindung hervorzuheben, die zwischen Probenzusammensetzungen unterscheiden.

Der über alle Proben konsolidierte Peakatlas ist als peaks verfügbar. Um daraus eine Heatmap der Peaks zu erstellen, musst du wissen, wieviele Peaks im Datensatz enthalten sind. Details zum zusammengeführten Peak-Set findest du im Eintrag merged von peaks.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Gib das Objekt peaks aus.
Ermittle die Koordinaten der zusammengeführten Peaks.
Extrahiere die Anzahl der im Datensatz vorhandenen Peaks.
Erstelle eine Heatmap mit der Funktion dba.plotHeatmap.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Print the `peaks` object
print(___)

# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___

# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)

# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)

Code bearbeiten und ausführen