MA-Plot
Ein MA-Plot visualisiert Unterschiede zwischen zwei Gruppen in Bezug auf die durchschnittliche Signalintensität. Das ist hilfreich, um mögliche Verzerrungen in den Daten zu beurteilen. In der Regel wird erwartet, dass sich die meisten Peak-Intensitäten zwischen den Bedingungen nicht verändern. Das bedeutet, dass die Punkte im Plot um eine horizontale Linie bei 0 gruppiert sein sollten, was keiner Veränderung entspricht. MA-Plots eignen sich außerdem, um sich schnell einen visuellen Eindruck davon zu verschaffen, wie groß die Unterschiede zwischen den Gruppen sind.
Wie die Plot-Funktionen, die du zuvor verwendet hast, stellt DiffBind eine Funktion dba.plotMA() bereit, um MA-Plots zu erzeugen, die alle notwendigen Informationen aus dem DBA-Objekt extrahieren kann.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Verwende die Funktion
dba.plotMA(), um einen MA-Plot zu erzeugen. - Sieh dir den Plot an. Achte darauf, wie signifikante Unterschiede hervorgehoben werden.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Create an MA plot
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