Peaks annotieren
In den vorherigen Übungen hast du eine Tabelle mit zusammengeführten Peak-Calls aus allen Proben erstellt (hier verfügbar als peaks_merged) und eine Tabelle mit Genannotationen (hier verfügbar als human_genes). Jetzt ist es Zeit, die Informationen beider Tabellen mit der Funktion annoPeaks() aus dem Paket ChIPpeakAnno zu kombinieren. Für jeden Peak, der ausreichend nahe an der Startstelle eines Gens liegt (festgelegt über das Argument bindingRegion), liefert diese Funktion detaillierte Informationen zum entsprechenden Gen in einem Data Frame. Dazu gehört eine Spalte insideFeature, die angibt, wo der Peak relativ zum Gen liegt.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Annotiere Peaks mit dem jeweils nächstgelegenen Gen.
- Bestimme die Anzahl der Peaks, die Genen zugeordnet wurden.
- Erstelle eine Zusammenfassungstabelle, die zeigt, wo Peaks relativ zu Genen lagen.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Annotate peaks with closest gene
peak_anno <- ___(peaks_merged, human_genes, bindingType="startSite", bindingRegion=c(-5000,5000))
# How many peaks were found close to genes?
length(___)
# Where are peaks located relative to genes?
table(peak_anno$___)