Das Modell anpassen
Jetzt bist du bereit für die Differential-Binding-Analyse. Sie zeigt dir, welche Peaks sich in ihrer Intensität zwischen den beiden Tumortypen signifikant unterscheiden. Zu wissen, welche Peaks sich zwischen den Gruppen unterscheiden, ist die Grundlage für weitere Analysen, die die zugrunde liegenden Mechanismen dieser Unterschiede aufklären sollen. Schauen wir uns zunächst an, wie man die unterschiedlich gebundenen Peaks findet. Mit der Funktion dba.analyze() aus dem Paket DiffBind kannst du das tun. In der vorherigen Übung hast du den Kontrast für den Vergleich zwischen den Tumortypen festgelegt. Mit dem Objekt, das diesen Kontrast enthält, kannst du einfach dba.analyze() aufrufen, um den Rest zu erledigen.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Untersuche das Objekt
ar_binding, um zu bestätigen, dass es den benötigten Kontrast enthält. - Führe die Differential-Binding-Analyse aus.
- Untersuche das Ergebnis.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)