Unterschiede in der Proteinbindung zusammenfassen
Die letzte Darstellung der unterschiedlich gebundenen Peaks in dieser Lektion ist ein Boxplot. Dieser Plot-Typ eignet sich gut, um die Verteilung der Peak-Intensitäten in jedem Sample zusammenzufassen. DiffBind stellt dafür die Funktion dba.plotBox() bereit. Boxplots heben die Lage der Medianwerte in verschiedenen Gruppen sowie die Streuung der Daten darum herum hervor. Der von DiffBind erzeugte Plot vergleicht die beiden Gruppen (primärer Tumor und therapieresistenter Tumor) sowie Untergruppen, die aus den unterschiedlich gebundenen Peaks bestehen. Zusätzlich zum Plot selbst gibt dba.plotBox() auch p-Werte für die paarweisen Vergleiche zwischen diesen Gruppen zurück.
Wie zuvor sind die Ergebnisse der Differential-Bindungsanalyse als ar_diff verfügbar.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Erstelle einen Boxplot der Peak-Intensitäten.
- Untersuche die zurückgegebenen p-Werte. Welche Peak-Mengen unterscheiden sich signifikant voneinander?
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Create a box plot of the peak intensities
compare_groups <- ___(ar_diff, notch=FALSE)
# Inspect the returned p-values
print(___)