PCA und Heatmap neu betrachten
Jetzt, da du die wichtigsten Unterschiede zwischen den Proben identifiziert hast, kannst du ein weiteres Set an Plots erstellen, um die Proben zu vergleichen. Diese sind den Plots von vorhin sehr ähnlich, aber diesmal verwendest du nur unterschiedlich gebundene Peaks. Das verringert das Rauschen im Plot und hebt die Unterschiede besser hervor. Die DiffBind-Plotfunktionen haben ein Argument contrast, mit dem du festlegen kannst, welcher Vergleich zur Auswahl der Peaks für die Darstellung verwendet werden soll. In dieser Übung vergleichst du die ursprünglichen Plots mit ihren bereinigten Gegenstücken.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)