BED-Dateien einlesen
In dieser Übung lädst du Peak-Calls aus einer BED-Datei und nutzt die Informationen über Peaks, um aus einer BAM-Datei die Reads zu extrahieren, die sich mit den Peaks überlappen.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Verwende die Funktion
import.bed, um Peak-Calls aus chr20_peaks zu laden. - Verwende diese Peak-Calls, um ein
BamViews-Objekt für chr20_bam zu erstellen. - Lade die Reads, die sich mit den Peak-Calls überlappen.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)