Peaks vs. Hintergrund
Jetzt ist es an der Zeit, die Abdeckungsverteilung von Peaks, Blacklist-Regionen und Hintergrund zu vergleichen. In dieser Übung untersuchst du Daten von Chromosom 5.
Die binned Read-Counts für Peaks, Blacklist-Regionen und Hintergrund für dieses Chromosom sind als peak_bins, bl_bins und
bkg_bins verfügbar. Die Spalte score enthält die Read-Counts.
Das Laden aller erforderlichen Daten und R-Pakete für diese Übung kann einen Moment dauern. Bitte hab etwas Geduld.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Bereite die Read-Counts für die Visualisierung vor, indem du sie in Data Frames organisierst.
- Führe die drei Data Frames mit
rbind()zusammen. - Erstelle ein Boxplot der Read-Counts nach Bin-Typ.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Prepare read counts for plotting by organising them in data frames
peak_scores <- data.frame(source="peaks", fragments=___$score)
bl_scores <- data.frame(source="blacklist", fragments=___)
bkg_scores <- data.frame(source="background", fragments=___)
scores <- rbind(___, ___, ___)
# Create a boxplot of the read counts by bin type
ggplot(___, aes(y=fragments, x=source)) + geom_boxplot()