Annotationen verwenden

In dieser Übung verwendest du Gen-Koordinaten aus dem Paket TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene. Dieses Paket stellt die Koordinaten aller bekannten menschlichen Gene bereit. Ein GRanges-Objekt mit Koordinaten und einer eindeutigen ID für Gene auf Chromosom 20 wurde als human_genes für dich geladen.

Diese IDs sind zwar nützlich, um Gene zu identifizieren, lassen sich aber nicht leicht interpretieren. Es kann hilfreich sein, zusätzlich die besser lesbaren Gen-Symbole aufzunehmen. Das lässt sich mit Hilfe des Pakets org.Hs.eg.db erreichen, das Zuordnungen zwischen verschiedenen Sätzen von Gen-Identifikatoren bereitstellt. Mit der Funktion select() kannst du zu jeder ID ein Gen-Symbol abrufen, das in der Spalte SYMBOL gespeichert ist. Sobald du diese Information extrahiert hast, kannst du sie der Tabelle mit den Gen-Positionen hinzufügen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Rufe die Gen-Symbole aus der Spalte SYMBOL von org.Hs.eg.db ab.
Untersuche die Struktur der zurückgegebenen Annotationen.
Füge die Gen-Symbole zu human_genes hinzu.
Sieh dir das Ergebnis an.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Obtain gene symbols
gene_symbol <- ___(org.Hs.eg.db, keys=human_genes$gene_id, columns="SYMBOL", keytype="ENTREZID")

# Examine the structure of the returned annotations
str(___)

# Add gene symbols to gene coordinates
human_genes$symbol <- ___

# Examine output
print(human_genes)

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