Blacklisted-Regionen entfernen
Das Erkennen und Entfernen von Peaks in Blacklisted-Regionen ist ein wichtiger Schritt, um die Daten für weitere Analysen aufzubereiten. Für diese Übung verwenden wir die Blacklist aus dem Paket ChIPQC. Sie ist auch direkt bei ENCODE verfügbar.
Für diese Übung liegen die Peak-Calls in peaks, die Coverage-Daten in cover und die Blacklisted-Regionen in blacklist.hg19 vor. Die Funktion findOverlaps() ist hier hilfreich. Das Konzept sich überlappender Regionen hast du bereits im einführenden Bioconductor-Kurs kennengelernt; wir greifen es später in diesem Kapitel wieder auf.
Das Laden aller benötigten Daten und R-Pakete kann einen Moment dauern. Bitte hab etwas Geduld.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Finde alle Überlappungen zwischen Peaks und Blacklisted-Regionen.
- Plotte Read-Coverage, Peak-Calls und Blacklisted-Regionen mit Gviz.
- Entferne alle geblacklisteten Peaks.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Find all overlaps between peaks and blacklisted regions
blacklisted <- ___(peaks, blacklist.hg19, type="within")
# Create a plot to display read coverage together with peak calls and blacklisted regions in the selected region
cover_track <- ___(cover, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Calculate peak_track and region_track, plot plotTracks
peak_track <- ___(peaks, name="Peaks", fill="orange")
region_track <- ___(region, name="Blacklist")
plotTracks(list(ideogram, cover_track, peak_track, region_track, GenomeAxisTrack()),
chromosome="chr21", from=start(region)-1000, to=end(region)+1000)
# Remove all blacklisted peaks
clean_peaks <- ___[-from(blacklisted)]