Signalwegen genauer auf den Grund gehen
In dieser Übung erstellst du eine URL, die auf einen durch die Enrichment-Analyse identifizierten Signalweg verweist und die Gene mit ChIP-seq-Peaks hervorhebt. So bekommst du einen Überblick, wie die Gene – beziehungsweise die von ihnen codierten Proteine – miteinander und mit anderen Proteinen interagieren. Mit etwas Erfahrung lassen sich daraus schnell mögliche Mechanismen ableiten, die die Unterschiede zwischen den Gruppen in der Studie erklären könnten.
Das allgemeine Format dieser URLs ist: https://www.kegg.jp/pathway/pathway/<pathway_id>+<gene_id>+...+<gene_id>
Du erstellst die URL, um den Top-Signalweg aus der Enrichment-Analyse anzuzeigen und die mit Peaks verknüpften Gene hervorzuheben. Die Objekte top_path und genes, die du vorher erstellt hast, stehen dir im Workspace zur Verfügung.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Füge die Pathway-ID zur URL hinzu.
- Fasse die IDs der Gene im Signalweg, die mit Peaks verknüpft waren, zu einem einzelnen String zusammen, getrennt durch
'+'. - Füge den Gen-Auswahl-String zur URL hinzu.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# This is the base URL for all KEGG pathways
base_url <- "https://www.kegg.jp/pathway/"
# Add pathway ID to URL
path_url <- paste0(base_url, ___)
# Collapse gene IDs into selection string
gene_select <- paste(___, collapse="+")
# Add gene IDs to URL
path_url <- paste(___, ___, sep="+")