Coverage berechnen
Jetzt bist du dran: Erweitere die Reads auf die durchschnittliche Fragmentlänge, um eine bessere Coverage-Schätzung zu erhalten. Durch das Erweitern der Reads kannst du die Reads von beiden Enden eines Fragments zu einem einzigen Coverage-Peak zusammenführen. Das hilft dabei, Peaks von Hintergrundrauschen zu unterscheiden.
Die BAM-Datei für die Probe GSM1598218, die du in dieser Übung verwendest, wurde bereits für dich geladen. Die durchschnittliche Fragmentlänge für diese Probe beträgt 183 bp. Die Reads liegen als GRanges-Objekt mit dem Namen reads_gr vor.
Das Laden aller benötigten Daten und R-Pakete für diese Übung kann einen Moment dauern. Bitte hab etwas Geduld.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Erweitere die Reads auf die durchschnittliche Fragmentlänge.
- Berechne die Fragment-Coverage.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Extend reads to the average fragment length of 183 bp
reads_ext <- ___(reads_gr, width=___)
# Compute coverage
cover <- ___(___)