Peaks zusammenführen
Bevor du dir anschaust, wie sich Peak-Calls annotieren lassen, lohnt sich ein Blick darauf, wie du ein zusammengeführtes Peak-Set erstellen kannst, das die Calls aller Proben enthält. Das Paket ChIPpeakAnno stellt dafür die Funktion findOverlapsOfPeaks() bereit. Sie ermöglicht das Zusammenführen von Peak-Sets, die als GenomicRanges vorliegen, aus bis zu fünf Proben.
Bevor du diese Funktion verwenden kannst, musst du die Informationen zu den Peak-Calls aus dem zuvor erstellten ChIPQCexperiment-Objekt extrahieren. Über die Funktion peaks() kannst du die Peak-Positionen abrufen. Beachte, dass dadurch Peak-Calls für alle Proben zurückgegeben werden – auch für jene, die die QC nicht bestanden haben. Ein Vektor mit den Indizes der Proben, die wir im QC-Schritt für die weitere Analyse ausgewählt haben, ist als qc_pass verfügbar.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>ChIP-seq mit Bioconductor in R</Kurs>Übungsanweisungen
- Extrahiere Peaks aus dem ChIPQCexperiment-Objekt.
- Entferne alle Proben, die die QC nicht bestanden haben.
- Finde Überlappungen zwischen den Peak-Sets mit der Funktion
findOverlapsOfPeaks(). - Untersuche das zusammengeführte Peak-Set im Eintrag
mergedPeaks.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)