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Particionando o genoma de levedura

Genomas costumam ser grandes, mas o interesse geralmente está em regiões específicas. Por isso, precisamos filtrar um genoma extraindo partes dele. Para escolher um intervalo de sequência, use getSeq() e especifique o nome do cromossomo e o início e o fim do intervalo.

O exemplo a seguir seleciona as bases de "chrI" de 100 a 150.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

Observação: names é opcional; se não for especificado, serão retornados todos os cromossomos. Os parâmetros start e end também são opcionais e, se não forem especificados, assumem os valores padrão 1 e o comprimento da sequência, respectivamente.

Este exercício faz parte do curso

Introdução ao Bioconductor em R

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Instruções do exercício

  • Use getSeq() para obter as primeiras 30 bases do cromossomo M ("chrM") no objeto yeastGenome.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)

# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3

# Get the first 30 bases of chrM
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