Filtrando leituras em tempo real!
E se, de todas as leituras em um arquivo, você só se interessar por algumas? Você pode usar um filtro!
Vamos supor que você quer apenas as leituras que começam com o padrão "ATGCA". Uma pequena função de filtragem resolve isso, usando a função srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Essa função, que já foi criada para você, recebe um objeto derivado de ShortRead como entrada e retorna as leituras que começam com o padrão "ATGCA". Vamos colocá-la em prática!
Este exercício faz parte do curso
Introdução ao Bioconductor em R
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___