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Extrair uma amostra de um arquivo fastq

Agora é a sua vez de extrair uma amostra de uma sequência com muitas leituras.

Você usará o mesmo arquivo que leu no exercício anterior. Esse arquivo tem 500 leituras, cada uma com 50 pb. O caminho do arquivo está armazenado em um objeto chamado f.

Usando FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() e yield() você pode selecionar 100 leituras do seu arquivo de sequência.

Este exercício faz parte do curso

Introdução ao Bioconductor em R

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Instruções do exercício

  • Carregue ShortRead.
  • Use set.seed() com o valor 1234.
  • Use FastqSampler() com o pequeno arquivo fastq localizado em f e selecione 100 leituras.
  • Use yield() para gerar a subsequência.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
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