Acessores do GenomicRanges
No exercício anterior, você criou um objeto GRanges a partir de um data frame com as informações básicas. Você vai descobrir que GRanges consegue armazenar muito mais!
Use os métodos de acesso para explorar o objeto GRanges, myGR. Você pode extrair características de um objeto GRanges, como nomes de cromossomos, número de sequências, nomes de cada sequência, informações sobre a fita (strand), pontuação (score), comprimento e muito mais.
Os seguintes são acessores básicos de GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Para ver a lista completa de acessores, você pode consultar methods(class = "GRanges").
Este exercício faz parte do curso
Introdução ao Bioconductor em R
Instruções do exercício
- Obtenha as informações de sequência de
myGR. - Verifique os metadados usando
mcols().
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___