Explorando a qualidade das sequências
Agora é a sua vez de fazer o controle de qualidade no fqsample. Essa é uma etapa importante antes de avançar para outras análises, pois ajuda a identificar rapidamente problemas nos dados.
Para verificar os valores de codificação de cada letra em quality(), use encoding():
encoding(quality(fqsample))
Para um resumo da avaliação de qualidade (QA), use qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Este qaSummary já foi criado para você. Os elementos do QA podem ser acessados com qaSummary[["nameElement"]], em que nameElement é o nome do elemento que você deseja inspecionar.
Este exercício faz parte do curso
Introdução ao Bioconductor em R
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)