Buscando por um padrão
Vamos encontrar algumas ocorrências de um padrão no conjunto zikaVirus usando vmatchPattern(). Depois, vamos tentar a mesma busca de padrão usando matchPattern() com uma única sequência, zikv.
# Para conjuntos
vmatchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikaVirus, max.mismatch = 1)
# Para sequências individuais
matchPattern(pattern = "ACATGGGCCTACCATGGGAG",
subject = zikv, max.mismatch = 1)
Ambas as funções devem encontrar o mesmo número de ocorrências, mas você vai notar uma saída diferente. Quantos acertos obtemos ao executar cada busca de padrão individualmente?
Este exercício faz parte do curso
Introdução ao Bioconductor em R
Exercício interativo prático
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