Mais filtragem!
Excelente! Agora que você já praticou filtrar leituras, vamos usar a função polynFilter(). Essa função seleciona leituras que contêm menos do que um determinado número de nucleotídeos duplicados. Por exemplo, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) vai selecionar todas as leituras que contêm menos de 20 A's. O parâmetro nuc é um vetor de caracteres com símbolos IUPAC para nucleotídeos ou o valor "other" para todos os símbolos que não são nucleotídeos.
O objeto fqsample está disponível no seu ambiente de trabalho.
Este exercicio faz parte do curso
Introdução ao Bioconductor em R
exercicio interativo prático
Tente este exercicio completando este código de exemplo.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil