Encontrando uma região conservada em seis quadros de leitura
Parabéns por chegar até aqui!
Agora você vai procurar a sequência da proteína NS5 na sequência do vírus Zika. A NS5 é uma proteína viral muito conservada. Ela foi baixada e carregada para você a partir do Uniprot.
A sequência de DNA do vírus Zika foi transcrita para um RNAStringSet, chamado rnaframesZikaSet. O conjunto tem seis quadros de leitura (um por sequência) para você traduzir em aminoácidos. Ao fazer a busca, você vai definir o argumento max.mismatch na sua chamada de vcountPattern() para adicionar flexibilidade à sua busca.
Este exercício faz parte do curso
Introdução ao Bioconductor em R
Exercício interativo prático
Experimente este exercício completando este código de exemplo.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F