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Quantos transcritos?

Lembra no vídeo como descobrimos o comprimento dos éxons em um dos transcritos do nosso gene de interesse? Agora é sua vez de descobrir quantos transcritos o gene ABCD1 tem. Você pode usar:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Depois de obter todos os transcritos por gene, você pode selecionar qualquer gene pelo seu id. O id do gene ABCD1 é 215. Uma dica para selecionar as informações de um gene específico é usar crases ao redor do id do gene, por exemplo transcripts$`215`.

Este exercício faz parte do curso

Introdução ao Bioconductor em R

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Instruções do exercício

  • Carregue o banco de dados de transcritos humanos em hg.
  • Faça um pré-filtro do cromossomo X usando seqlevels().
  • Obtenha todos os transcritos em hg por "gene", salve em hg_chrXt e imprima.
  • Selecione o gene `215` de hg_chrXt usando $.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
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