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De dados tabulares para Genomic Ranges

No vídeo, você aprendeu maneiras de criar objetos GRanges. Você pode definir um GRanges com o nome da sequência e as posições inicial e final (seqnames, start e end). Se você tiver dados em formato de tabela, também pode transformá-los em um objeto GRanges. Vamos usar um data frame chamado seq_intervals, que é onde, muito provavelmente, você armazenou seus intervalos de sequência. Observação: você também pode usar um tibble se estiver mais acostumado com esse formato.

Você vai usar o data frame predefinido seq_intervals para transformá-lo em um objeto GRanges usando a função as(). A função as() foi apresentada no último vídeo — ela recebe um objeto e o nome da classe para a qual deseja convertê-lo.

Este exercício faz parte do curso

Introdução ao Bioconductor em R

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Instruções do exercício

  • Carregue GenomicRanges.
  • Imprima seq_intervals para ver como ele é.
  • Transforme seq_intervals em um objeto GRanges e chame o novo objeto de myGR.
  • Imprima myGR.

Exercício interativo prático

Experimente este exercício completando este código de exemplo.

# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)

# Print seq_intervals
___

# Create myGR
___ <- ___(___, "___")

# Print myGR
___
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