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Removendo duplicatas

É sempre uma boa prática verificar se suas leituras de sequência não contêm duplicatas demais.

# Amostra com duplicatas da classe: ShortReadQ
dfqsample

# Obter as leituras de dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)

# Contando duplicatas
table(srduplicated(mydReads))

Como você removeria leituras duplicadas em um arquivo? Preste atenção à condição que deve ser usada nesse filtro.

Este exercicio faz parte do curso

Introdução ao Bioconductor em R

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exercicio interativo prático

Transforme teoria em prática com um dos nossos exercicio interativos

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