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Removendo duplicatas

É sempre uma boa prática verificar se suas leituras de sequência não contêm duplicatas demais.

# Amostra com duplicatas da classe: ShortReadQ
dfqsample

# Obter as leituras de dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)

# Contando duplicatas
table(srduplicated(mydReads))

Como você removeria leituras duplicadas em um arquivo? Preste atenção à condição que deve ser usada nesse filtro.

Este exercício faz parte do curso

Introdução ao Bioconductor em R

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Exercício interativo prático

Transforme a teoria em ação com um de nossos exercícios interativos

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