Chia phần bộ gen nấm men
Bộ gen thường rất lớn, nhưng chúng ta thường chỉ quan tâm đến các vùng cụ thể. Vì vậy, bạn cần trích xuất các phần của bộ gen. Để chọn một khoảng trình tự, hãy dùng getSeq() và chỉ định tên nhiễm sắc thể cùng vị trí bắt đầu và kết thúc của khoảng.
Ví dụ sau sẽ chọn các base của "chrI" từ 100 đến 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Lưu ý: names là tùy chọn; nếu không chỉ định, hàm sẽ trả về tất cả nhiễm sắc thể. Tham số start và end cũng là tùy chọn và nếu không chỉ định, chúng sẽ lần lượt nhận giá trị mặc định là 1 và độ dài của trình tự.
Bài tập này là một phần của khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Dùng
getSeq()để lấy 30 base đầu tiên của nhiễm sắc thể M ("chrM") trong đối tượngyeastGenome.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
___