1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Giới thiệu Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Chia phần bộ gen nấm men

Bộ gen thường rất lớn, nhưng chúng ta thường chỉ quan tâm đến các vùng cụ thể. Vì vậy, bạn cần trích xuất các phần của bộ gen. Để chọn một khoảng trình tự, hãy dùng getSeq() và chỉ định tên nhiễm sắc thể cùng vị trí bắt đầu và kết thúc của khoảng.

Ví dụ sau sẽ chọn các base của "chrI" từ 100 đến 150.

getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)

Lưu ý: names là tùy chọn; nếu không chỉ định, hàm sẽ trả về tất cả nhiễm sắc thể. Tham số start và end cũng là tùy chọn và nếu không chỉ định, chúng sẽ lần lượt nhận giá trị mặc định là 1 và độ dài của trình tự.

Hướng dẫn

100 XP
  • Dùng getSeq() để lấy 30 base đầu tiên của nhiễm sắc thể M ("chrM") trong đối tượng yeastGenome.