Lọc reads ngay tại chỗ!
Giả sử trong số tất cả các read trong một tệp, bạn chỉ quan tâm đến một vài read nhất định. Bạn có thể dùng bộ lọc!
Ví dụ, bạn chỉ muốn những read bắt đầu bằng mẫu "ATGCA". Một hàm lọc nhỏ có thể làm việc này, sử dụng hàm srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Hàm này, đã được tạo sẵn cho bạn, nhận một đối tượng dẫn xuất của ShortRead làm đầu vào và trả về các read bắt đầu bằng mẫu "ATGCA". Hãy dùng thử hàm này!
Bài tập này là một phần của khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___