1. 学ぶ
    2. /
  2. コース
    3. /
  3. Giới thiệu Bioconductor trong R
Connected

演習

Lọc reads ngay tại chỗ!

Giả sử trong số tất cả các read trong một tệp, bạn chỉ quan tâm đến một vài read nhất định. Bạn có thể dùng bộ lọc!

Ví dụ, bạn chỉ muốn những read bắt đầu bằng mẫu "ATGCA". Một hàm lọc nhỏ có thể làm việc này, sử dụng hàm srFilter():

myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")

Hàm này, đã được tạo sẵn cho bạn, nhận một đối tượng dẫn xuất của ShortRead làm đầu vào và trả về các read bắt đầu bằng mẫu "ATGCA". Hãy dùng thử hàm này!

指示1 / 2

undefined XP
    1
    2
  • Kiểm tra lớp (class) của fqsample.
  • Dùng bộ lọc myStartFilter() trên fqsample và lưu kết quả vào selectedReads.
  • Kiểm tra lớp (class) của selectedReads.