1. Lära sig
    2. /
  2. Courses
    3. /
  3. Giới thiệu Bioconductor trong R
Connected

exercise

Từ dữ liệu dạng bảng sang Genomic Ranges

Trong video, bạn đã học các cách tạo đối tượng GRanges. Bạn có thể định nghĩa một GRange với tên chuỗi, vị trí bắt đầu và kết thúc (seqnames, start và end). Nếu bạn có dữ liệu ở dạng bảng, bạn cũng có thể chuyển nó thành một đối tượng GRanges. Hãy dùng một data frame tên là seq_intervals, vì đây thường là nơi bạn lưu các khoảng trình tự của mình. Lưu ý: bạn cũng có thể dùng tibble nếu quen thuộc hơn.

Bạn sẽ dùng data frame seq_intervals đã được định nghĩa sẵn để chuyển thành một đối tượng GRanges bằng hàm as(). Hàm as() đã được giới thiệu trong video trước — hàm này nhận vào một đối tượng và tên lớp để chuyển đổi đối tượng sang lớp đó.

Instruktioner

100 XP
  • Nạp GenomicRanges.
  • In seq_intervals để xem cấu trúc.
  • Chuyển seq_intervals thành một đối tượng GRanges, đặt tên đối tượng mới là myGR.
  • In myGR.