Từ dữ liệu dạng bảng sang Genomic Ranges
Trong video, bạn đã học các cách tạo đối tượng GRanges. Bạn có thể định nghĩa một GRange với tên chuỗi, vị trí bắt đầu và kết thúc (seqnames, start và end). Nếu bạn có dữ liệu ở dạng bảng, bạn cũng có thể chuyển nó thành một đối tượng GRanges. Hãy dùng một data frame tên là seq_intervals, vì đây thường là nơi bạn lưu các khoảng trình tự của mình. Lưu ý: bạn cũng có thể dùng tibble nếu quen thuộc hơn.
Bạn sẽ dùng data frame seq_intervals đã được định nghĩa sẵn để chuyển thành một đối tượng GRanges bằng hàm as(). Hàm as() đã được giới thiệu trong video trước — hàm này nhận vào một đối tượng và tên lớp để chuyển đổi đối tượng sang lớp đó.
Bài tập này là một phần của khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Nạp
GenomicRanges. - In
seq_intervalsđể xem cấu trúc. - Chuyển
seq_intervalsthành một đối tượngGRanges, đặt tên đối tượng mới làmyGR. - In
myGR.
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)
# Print seq_intervals
___
# Create myGR
___ <- ___(___, "___")
# Print myGR
___