1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Giới thiệu Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Bộ truy cập GenomicRanges

Trong bài tập trước, bạn đã tạo một đối tượng GRanges từ một data frame chứa thông tin cơ bản. Bạn sẽ thấy rằng GRanges còn lưu trữ được nhiều hơn thế!

Hãy dùng các phương thức truy cập (accessor) để khám phá đối tượng GRanges, myGR. Bạn có thể trích xuất các đặc điểm từ một đối tượng GRanges như tên nhiễm sắc thể, số lượng trình tự, tên của từng trình tự, thông tin về chiều (strand), điểm số, độ dài và nhiều thông tin khác.

Dưới đây là các bộ truy cập cơ bản cho GRanges:

seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)

Để xem đầy đủ danh sách các bộ truy cập, bạn có thể kiểm tra methods(class = "GRanges").

Hướng dẫn

100 XP
  • Lấy thông tin trình tự cho myGR.
  • Kiểm tra metadata bằng mcols().