Bộ truy cập GenomicRanges
Trong bài tập trước, bạn đã tạo một đối tượng GRanges từ một data frame chứa thông tin cơ bản. Bạn sẽ thấy rằng GRanges còn lưu trữ được nhiều hơn thế!
Hãy dùng các phương thức truy cập (accessor) để khám phá đối tượng GRanges, myGR. Bạn có thể trích xuất các đặc điểm từ một đối tượng GRanges như tên nhiễm sắc thể, số lượng trình tự, tên của từng trình tự, thông tin về chiều (strand), điểm số, độ dài và nhiều thông tin khác.
Dưới đây là các bộ truy cập cơ bản cho GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Để xem đầy đủ danh sách các bộ truy cập, bạn có thể kiểm tra methods(class = "GRanges").
Bài tập này là một phần của khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Hướng dẫn bài tập
- Lấy thông tin trình tự cho
myGR. - Kiểm tra metadata bằng
mcols().
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___