Bắt đầu ngayBắt đầu miễn phí

Có bao nhiêu transcript?

Hãy nhớ trong video, chúng ta đã tìm độ dài các exon trong một transcript của gene quan tâm như thế nào? Giờ đến lượt bạn tìm xem gene ABCD1 có bao nhiêu transcript. Bạn có thể dùng:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Sau khi có toàn bộ transcript theo gene, bạn có thể chọn bất kỳ gene nào bằng id của nó. Gene id của ABCD1 là 215. Một mẹo nhỏ để chọn thông tin của một gene cụ thể là dùng dấu backtick quanh gene id, ví dụ transcripts$`215`.

Bài tập này là một phần của khóa học

Giới thiệu Bioconductor trong R

Xem khóa học

Hướng dẫn bài tập

  • Nạp cơ sở dữ liệu transcript người vào hg.
  • Lọc trước nhiễm sắc thể X bằng seqlevels().
  • Lấy tất cả transcript trong hg theo "gene", lưu vào hg_chrXt, và in ra.
  • Chọn gene `215` từ hg_chrXt bằng toán tử $.

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
Chỉnh sửa và Chạy Mã