Khám phá chất lượng chuỗi
Đến lượt bạn thực hiện kiểm soát chất lượng cho fqsample. Đây là bước quan trọng trước khi phân tích sâu hơn để nhanh chóng phát hiện các vấn đề của dữ liệu.
Để kiểm tra giá trị mã hóa cho từng ký tự trong quality(), hãy dùng encoding():
encoding(quality(fqsample))
Để có bản tóm tắt đánh giá chất lượng (QA), dùng qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
qaSummary này đã được tạo sẵn cho bạn. Có thể truy cập các phần tử QA bằng qaSummary[["nameElement"]], trong đó nameElement là tên phần tử bạn muốn xem.
Bài tập này là một phần của khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)