1. Học hỏi
    2. /
  2. Khoa Học
    3. /
  3. Giới thiệu Bioconductor trong R
Connected

Bài tập

Lọc thêm nữa!

Tuyệt vời! Giờ bạn đã quen tay với việc lọc reads, hãy dùng hàm polynFilter(). Hàm này chọn các read có ít hơn một số lượng nucleotide trùng lặp nhất định. Ví dụ, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) sẽ chọn tất cả các read chứa ít hơn 20 ký tự A. Tham số nuc là một vector ký tự chứa các ký hiệu IUPAC cho nucleotide hoặc giá trị "other" cho tất cả ký hiệu không phải nucleotide.

Đối tượng fqsample đã có sẵn trong môi trường làm việc của bạn.

Hướng dẫn 1/3

undefined XP
    1
    2
    3
  • Trích xuất các chuỗi từ đối tượng ShortRead fqsample bằng hàm phù hợp.
  • Tạo một bộ lọc tên myFil dùng polynFilter với các tham số sau:
    • threshold là 3 nucleotide.
    • Vector ký tự nuc bằng "A".
  • Kiểm tra bộ lọc vừa tạo bằng cách in nó ra console.