Lọc thêm nữa!
Tuyệt vời! Giờ bạn đã quen tay với việc lọc reads, hãy dùng hàm polynFilter(). Hàm này chọn các read có ít hơn một số lượng nucleotide trùng lặp nhất định. Ví dụ, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) sẽ chọn tất cả các read chứa ít hơn 20 ký tự A. Tham số nuc là một vector ký tự chứa các ký hiệu IUPAC cho nucleotide hoặc giá trị "other" cho tất cả ký hiệu không phải nucleotide.
Đối tượng fqsample đã có sẵn trong môi trường làm việc của bạn.
Bài tập này là một phần của khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil