Tìm vùng bảo tồn trong sáu khung đọc
Chúc mừng bạn đã đi đến bước này!
Giờ bạn sẽ tìm kiếm trình tự protein NS5 trong trình tự virus Zika. NS5 là một protein virus được bảo tồn cao. Trình tự này đã được tải xuống và nạp sẵn cho bạn từ Uniprot.
Trình tự DNA của virus Zika đã được phiên mã thành một RNAStringSet, tên là rnaframesZikaSet. Bộ này có sáu khung đọc (mỗi trình tự là một khung) để bạn dịch sang các axit amin. Khi tìm kiếm, bạn sẽ đặt tham số max.mismatch trong lời gọi vcountPattern() để tăng độ linh hoạt cho việc tìm khớp.
Bài tập này là một phần của khóa học
Giới thiệu Bioconductor trong R
Bài tập tương tác thực hành trực tiếp
Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.
# Print rnaframesZikaSet
___
# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F