Bắt đầu ngayBắt đầu miễn phí

Tự tạo biểu đồ tần suất nucleotide của bạn

Giờ là lúc bạn xem kỹ hơn tần suất nucleotide theo từng chu kỳ. Cách tốt nhất là trực quan hóa dữ liệu. Thường thì vài chu kỳ đầu khá ngẫu nhiên, sau đó tần suất nucleotide sẽ dần ổn định ở các chu kỳ tiếp theo.

Bài tập này dùng toàn bộ tệp fastq SRR1971253 với một chút tiền xử lý đã được chuẩn bị sẵn cho bạn:

library(ShortRead)
fqsample <- readFastq(dirPath = "data", 
                      pattern = "SRR1971253.fastq")
# trích xuất chuỗi đọc                      
abc <- alphabetByCycle(sread(fqsample))

# Chuyển vị các nucleotide A, C, G, T theo cột
nucByCycle <- t(abc[1:4,]) 

# Dọn dữ liệu
nucByCycle <- nucByCycle %>% 
  as_tibble() %>% # chuyển sang tibble
  mutate(cycle = 1:50) # thêm số chu kỳ

Nhiệm vụ của bạn là vẽ biểu đồ Tần suất nucleotide theo Chu kỳ bằng các hàm của tidyverse!

Bài tập này là một phần của khóa học

Giới thiệu Bioconductor trong R

Xem khóa học

Hướng dẫn bài tập

  • Dùng glimpse() với đối tượng nucByCycle để xem nhanh dữ liệu.
  • Pivot các ký tự nucleotide trong alphabet bằng pivot_longer() và tạo cột count mới.
  • Vẽ biểu đồ đường với cycle trên trục x và count trên trục y, tô màu theo alphabet.

Bài tập tương tác thực hành trực tiếp

Hãy thử làm bài tập này bằng cách hoàn thành đoạn mã mẫu này.

# Glimpse nucByCycle
___

# Create a line plot of cycle vs. count
nucByCycle %>% 
  # Gather the nucleotide letters in alphabet and get a new count column
  pivot_longer(-cycle, names_to = ___, values_to = ___) %>% 
  ggplot(aes(x = ___, y =  ___, color = ___)) +
  geom_line(size = 0.5 ) +
  labs(y = "Frequency") +
  theme_bw() +
  theme(panel.grid.major.x = element_blank())
Chỉnh sửa và Chạy Mã